2006年6月8日黄居士晚上发烧，不仅拒绝医药，一反常态的，连滴水也不沾。6月9日上午，图书馆负责人征得黄居士本人同意，送医治疗。检查结果是肺部严重感染，有生命危险。医生说，黄居士从进医院开始，神智始终清楚，口中不停念着阿弥陀佛，从无间断。
6月8日晚上，图书馆负责人曾于梦中见到一男子要走，请为他安排时间，希望不超过9日下午五点。因他第一站要到香港，在老法师讲经时谢恩。果然，黄居士于6月9日下午4时50分往生。足以证明古大德于往生传记所记载，真信切愿，三年念佛决定往生之语，真实不虚。
以下是黄忠昌居士往生的详细经过：
当时黄忠昌闭关念佛快三年了。有一天突然停止吃饭进水。躺在床上，看起来很难受的样子，大家都以为他感冒了。随后他就开始发烧。他以前感冒从来不吃药，不吃饭，只喝水就能好，但是这次水也不喝了。因为他发愿止语所以只能用纸条交流。他在纸条里说他没事，不用管他。后来他烧的更厉害了，而且肺部非常难受可以从他的表情就能看出来。于是问他要不要吃药。他告诉大家不要管。
但是当天晚上馆长在睡梦中有一名男子来告诉他在明天下午3点50想去香港感谢师父，叫馆长帮他买好船票。馆长早晨起床的时候还在想这个事情呢。临出门的时候告诉管理人员要注意道场：可能有事情要发生。
上午的时候看他很难受的样子，就问他要不要去医院。黄居士点头允许。就送往医院，并给黄居士随身携带一个念佛机。到了医院，呼吸科专家都聚集到医院里准备抢救，大家很担心。大家在念佛堂里给黄居士立了吉祥牌位。
馆长去医院看他时，看到黄居士在抢救台上光着身子，鼻子里、嘴里都是管子，身上贴着很多小圆盘的东西。黄居士在挣扎，想拔出管子，因为很难受。馆长说：“黄居士！我们现在全力以赴，争取把你接回去，你在这里要放下！念佛求生净土！念佛求生净土！！！”黄居士就安稳下来了，看样子他是彻底放下了。馆长就出来了。这已经是下午三点多了。大家给黄忠昌居士一直诵阿弥陀经。大家诵完经，刚走到办公室，馆长就来电话。语气很凝重的告诉大家，赶快立牌位，黄居士已经往生了，就在刚才。
在空白牌位在写上“黄忠昌”三个字的时候，有的法师和义工哭了。写好以后，把牌位送到念佛堂里，把吉祥牌位换下来。念佛的居士看到以后，有的也哭了。
这个时候，馆长到了。马上给老法师打电话。因为老法师那个时候正在讲华严，所以就没能接。我们这个时候就在排班，准备24小时助念。我记得那个时候念佛堂里的磁场极为庄严，从来没有过那种庄严。后来老法师来电话，老法师说：“我讲经的时候，黄忠昌来过了” 大家都惊讶！那个梦境就是告诉馆长，黄忠昌往生前要去香港给老法师顶礼，然后在老法师那里往生。师父讲经的时候，是在入定的状态。师父当时就在摄影棚里，只有师父和摄影师两人。师父确定的告诉大家黄居士往生净土了，大家都很欢喜。
夜晚，大家去医院助念。因为医院的规定，不能进病房只能站在门外。其实当时是黄忠昌居士的神识去了师父那里，师父自然加持帮助他往生净土。能够在师父讲经的时候往生净土，实在是太殊胜了。
因为医院断定黄忠昌居士为严重的传染性肺炎，所以始终没有放人。没办法大家才去医院助念的。凌晨一点多，殡仪馆的车来了。三位法师按照医生的要求，穿上了隔离服进去给黄忠昌居士穿往生服。当时把他送到医院的时候，就打电话通知了他的家人。他的家人都信佛，就告诉大家如何处理全听道场的。真的很佩服他的家人。
在给黄忠昌居士穿往生服的时候，正对着的天空出现了红色的光，很亮。服穿完了以后，把他推出来，刚一推出来，天空就开始下雨。小雨实在是太神奇了。而且还有异香出来。当时他的两个姐姐和妈妈都在场，也感到不可思议。
车子缓慢的开出来医院了。馆长在后面拍车子大声喊：“黄忠昌！你要给大众做个好样子！做个好样子啊！”他的姐姐也在喊：“**（他的小名）！你在西方等我，我也去！”当时大家很感动。
因为殡仪馆在郊区，大家回到道场的时候，黄居士还没到殡仪馆。外面的雨还在下。过了一会，接到殡仪馆的电话，说已经顺利到达了。馆长嘱咐他们不要放入冰柜。这时外面的雨突然停了....
天下雨代表龙天善神为黄忠昌菩萨洗尘。黄忠昌菩萨往生以后，从他出门开始一直到达殡仪馆这一路都有善神用甘露洗尘。当年佛舍利去台湾的时候，也有这个情况出现。九华山仁德法师往生的时候也是这样。
当晚师父给大家说：“黄忠昌居士之所以在往生前受到如此痛苦，是因为他年轻的时候有吸烟的恶习，使许多人吸了二手烟。所以这是果报。”大家都很感叹。本来他的病会推后，因为黄忠昌居士念佛共两年十个月，念佛功夫非常好，已经可以来去自如了，所以他想在往生前就把这个果报提前受完。一来自己省事，二来给大众做示现。
第二天一早大家就去了殡仪馆，准备火化。一直等到中午，拣出了许许多多的舍利子和舍利花。当时殡仪馆负责炼人的工人说：“真是奇怪，怎么他会有这么多花花绿绿的珠子出来？”当时大家都笑了馆长就在那里给他讲解。当时在火化的时候，四周天空出现了很多吉祥云。
就这样，当晚馆长做梦，黄忠昌来感恩馆长的护持，告诉馆长他已经往生净土了。从此大家就坚信有极乐世界了.
